Журнал «Компьютерные инструменты в образовании» был основан в 1998 году по инициативе группы профессоров вузов Санкт-Петербурга, в состав которой вошли известные учёные в области информатики и её приложений: проф. Е.И. Бутиков, известный своими публикациями по компьютерному моделированию как в российских, так и зарубежных изданиях (например, в American Journal of Physics, см. http://butikov.faculty.ifmo.ru/index.html#_Recent_Publications), д. ф.-м. наук, проф. Н.К. Косовский — известный специалист в математической логике, долгие годы возглавлявший кафедру информатики в Санкт-Петербургском государственном университете, д. ф.-м. наук, проф., действ. чл. РАН проф. Ю.В. Матиясевич, известный тем, что решил 10 проблему Гильберта и в настоящее время занимающийся проблемами применения компьютера к доказательству теорем (https://en.wikipedia.org/wiki/Yuri_Matiyasevich), д. ф.-м. наук, проф. И.В. Романовский, специалист в области дискретной математике, д. ф.-м. наук, проф. А.Н. Терехов, руководящий как кафедрой системного программирования так и научно-исследовательским институтом информационных технологий при Санкт-Петербургском государственном университете.

Большое влияние на становление журнала оказал д. ф.-м. наук, проф., чл.-корр. РАН проф. С. С. Лавров, который был руководителем работ по расчету запуска первого человека в космос и впоследствии создал первую кафедру программирования в Санкт-Петербурге (Ленинграде) (https://www.computer-museum.ru/galglory/lavrov.htm).

Большая роль в работе журнала отводится проблемам овладения математикой посредством использования компьютерных инструментов. С 2000 года до своей смерти в 2016 г. активным членом Редакционного Совета был известнейший зарубежный ученый в области обучения информатике, автор языка LOGO Seymour Paper (Professor of Learning Research Media Lab M.I.T.), который написал в журнал ряд статей по обучению математике с помощью компьютера (https://en.wikipedia.org/wiki/Seymour_Papert).

Журнал является единственным журналом в России, который в основу своей концепции положил инструментальный подход к изучению информационной среды обучения. В течение 23 лет работы журналом была поддержана публикация ряда важных результатов в области информатики и информационных технологий, разработки электронных средств обучения как инструментов, способствующих развитию познавательной и исследовательской деятельности. 

В  2015 году в  редколлегию журнала вошли  известные иностранные учёные, которые работают в области развития компьютерных инструментов и лежащих в их основе математических методов: Stephen Watt (Canada) — один из создателей системы компьютерной математики Maple Stephen Wolfram (USA) — создатель инструментальной математической среды Wolfram Mathematica Bruno Buchberger (Austria) — создатель базисов Грёбнера, которые стали неотъемлемой частью всех систем компьютерной математики. Также в редакционный совет вошли учёные, известные своими фундаментальными результатами в области математических оснований информатики Dima Grigoriev (France) — Directeur de recherches, CNRS, France, Mark Spivakovsky (France) — Directeur de Recherche, CNRS and Institut de Mathématiques de Toulouse, Alexander Tiskin (United Kingdom) — ass prof. at University of Warwick, Alkiviadis Akritas (Greece) —  prof. at The University of Thessaly и ученые в области педагогических наук, занимающиеся проблемами использования компьютерных инструментов в преподавании математики и информатики Sergei Abramovich (USA) — prof. at The State University of New York (USA) и Andy Brodnik (Slovenia) — prof. at University of Ljubljana and University of Primorska.