Анализ геномных и метагеномных данных в образовательных целях

Аннотация

В работе рассматриваются две задачи анализа данных геномного и метагеномного секвенирования — задача de novo сборки генома (сборка неизвестного генома) и задача сравнительного анализа метагеномов, которая возникает при анализе геномов микроорганизмов из почв, океанов, кишечника человека и т. д. Несмотря на то, что эти задачи в основном возникают у исследователей, работающих в области биологии, их использование в образовательных целях — необходимый шаг при обучении молодых медиков, биологов и биоинформатиков, а также для повышения квалификации специалистов из этих областей. В настоящей статье приводится обзор методов сборки генома и сравнительного анализа метагеномов, исследуется вопрос применимости существующих средств для обучающихся и предлагаются новые подходы к решению данных задач. Такие подходы использовались авторами при обучении студентов в Санкт-Петербургском политехническом университете Петра Великого. В работе также приводятся результаты экспериментов по сравнению предложенных подходов с известными.